《秘密授课》是一部充满悬疑与浪漫的校园奇幻漫画。女主角赤井真琴是一名普通高中生，她发现新任的年轻历史老师神崎隼人，在每晚深夜会化身为“时间讲师”，在地下室为学生们开设一门“改变人生的秘密课程”。这门课教授的不是课本知识，而是如何通过微小的选择，避免未来可能发生的遗憾。真琴在加入课程后，发现神崎老师的过去与自己家族的秘密紧密相连，而课程本身，似乎也隐藏着一个关于时间与爱的巨大谎言。
“秘密课程”被校方发现，神崎老师面临被解雇的危机。真琴带领所有上过课的学生，在全校面前播放了他们录制的“课程心得”，里面全是他们因微小改变而获得幸福的故事。校长沉默良久，最终只说了一句：“这样的老师，我们学校不该失去。”
真琴在地下室的暗格中发现了一本旧日记，里面记载着神崎老师曾是一个“遗憾收集者”，他开设课程的目的，是为了收集足够的“微小幸福”，来交换一个人复活的机会。而那个人，是真琴早已去世的奶奶——也是神崎年轻时的恋人。
一位因校园霸凌而退学的学生重回学校，在课堂上向神崎老师发出挑战，声称他的“秘密授课”会毁了更多人。神崎没有辩解，只是在下课后悄悄递给那个学生一张纸条，上面写着他当年被霸凌时，那个学生曾说过的一句鼓励的话。少年瞬间泪崩。
课上，一位胆小的女生为了能鼓起勇气向暗恋对象告白，用自己“放弃一份好大学推荐信”的未来换了一次“勇气体验”。神崎老师却告诉她：“勇气不是交换来的，是你本来就有的。” 他引导她一步步自己说出了告白台词，最终女生在现实中真的成功了。
神崎老师的地下室里，常年放着一张陈旧的照片。那是他第一个“学生”，一个因为家庭变故差点误入歧途的男孩。真琴发现，照片上的男孩，竟是学校里那位看似严厉、实则默默保护着所有人的教导主任。
真琴在午夜钟楼下的废弃教室里，撞见了正在对着空气讲课的神崎老师。他转过身，眼神既惊讶又温柔：“你是第一个，能看到这堂课的人。” 真琴鼓起勇气问：“这门课，能让我见到我想见的人吗？” 故事由此开始。